Первым генеральным Министром Братьев Меньших Конвентуальных после официального разделения Францисканского Ордена был избран в 1517 г. о. Антоний Марчелло – 44-ый преемник св. Франциска. В то время община насчитывала около 30 тысяч братьев, живущих в более чем 1200 монастырях, объединенных в 34 провинции.
Официальное разделение Ордена не положило полностью конец ни противостоянию среди францисканцев, ни неприязненному отношению к конвентуалам правителей некоторых государств. В результате в течение нескольких десятилетий прекратило свое существование несколько провинций Ордена Францисканцев – Братьев Меньших Конвентуальных: Португальская, четыре Испанские, три Французские, – а также многочисленные монастыри в Люксембурге, Бельгии и Фландрии.
Несмотря на все эти внутренние коллизии, перед лицом поглощавшего Европу протестантизма францисканцы сохранили верность Риму и единым фронтом отважно выступили в защиту Католической Церкви. И, конечно же, эта борьба вела меньших братьев в темницы, а подчас и к мученической смерти. В Англии францисканцев четвертовали и сжигали на вилах на медленном огне, в Нидерландах вешали, повсюду высмеивали и писали памфлеты, но они не сдавались, выступали с кафедр и проповедовали на городских площадях.
Сложившаяся ситуация заметно ослабила Орден, который потерял четыре провинции в Германии, а также провинции в Англии, Ирландии, Шотландии, Дании и скандинавских странах.
Не менее печальные последствия имела экспансия Ислама, в результате которой было уничтожено большинство францисканских монастырей в Греции, на Кипре, в Румынии и Святой Земле.
Вместе с тем, с открытием Нового Света перед францисканцами открылись и новые горизонты миссионерства. Их миссии распространились по всей Америке: в Мексике, Перу, Эквадоре, Чили, Парагвае.
Меньшие братья, как могли, пытались охранять и спасать местных жителей от алчности и насилия колонизаторов, строили для них церкви, больницы и школы. Когда на них изливался гнев индейцев за жестокости конквистадоров и их преследовали,- они прощали, когда их изгоняли,- они возвращались, когда их предавали мученической смерти,- они оставляли о себе память, которая давала жизнь новым поколениям христиан. Францисканцы были первыми исследователями ацтекских древностей, а книга Бернардина. из Сахагуна “Всеобщая история о делах Новой Испании” стала первой всеобъемлющей энциклопедией культуры этой древней цивилизации.
Францисканцы не оставляли миссионерской деятельности и на Востоке. Группа францисканцев начала проповедовать в Японии, а в 1587 г. в Нагасаки все они, вместе с монахами других орденов, приняли мученическую кончину. Большим успехом увенчалась миссия на Филиппинах, где францисканцы смогли создать коллегиумы и больницы для прокаженных.
В конце этой трудной переходной эпохи на Престол св. апостола Петра взошел конвентуальный францисканец Феликс Перетти, принявший имя Сикста V (понтификат 24.IV.1585 г. – 27.VIII.1590 г.). Это был третий папа из францисканцев после Николая IV (22.II.1288г. – 4.IV.1292 г.), преемника св. Бонавентуры в служении генералом Ордена, и Сикста IV (9.VIII.1471 г. – 12.VIII.1484 г.), знаменитого богослова, автора трактатов о Крови Христа и Непорочном Зачатии.
Суровый аскет, он стал не менее суровым правителем, который не на словах, а на деле начал настоящую войну против преступности, был непреклонен и не взирал на лица. Сикст V был настоящим государственным деятелем: занимался развитием промышленности, открывал шелковые и шерстяные мануфактуры, отменяя обременительные пошлины и привлекая этим купцов, способствовал оживлению торговли.
Сильно увеличив налоги, он в то же время резко ограничил расходы папского двора, ибо и в роскошном дворце он жил как бедный францисканский монах, а все средства направлял на широкомасштабные строительные и реставрационные работы. Он провел большой водопровод, названный по его имени “Аква феличе”, воздвиг монументальный обелиск на площади св. Петра, расширил Ватиканскую библиотеку, для которой построил великолепное здание, открыл типографию. В Фермо он основал университет, а в Риме, будучи ревностным почитателем философии Серафического Доктора, создал Коллегиум св. Бонавентуры, предназначенный для обучения молодых францисканцев. Он мечтал превратить Папскую область в идеальное государство, а Рим – в прекраснейший из городов, и этому была посвящена вся его неутомимая деятельность на протяжении пяти лет понтификата.
К концу XVI в. Орден насчитывал 25 провинций и 4 миссионерских викариата, около 1000 монастырей и более 20 тысяч братьев.
