Возобладавший в философии семнадцатого века рационализм по своей направленности был прямо противоположен францисканской духовности, примату сердца над разумом, но, тем не менее, и в это столетие Орден переживал период своего роста. Но уже в XVIII в. негативные тенденции взяли верх, хотя даже тогда, несмотря на то, что наряду с рационалистической философией получал все большее’ распространение не менее чуждый францисканству эпикурейский гедонизм в образе жизни, францисканская альтернатива господствовавшим взглядам все же не оставалась без своих приверженцев. В это время Францисканский орден, как и Католическая Церковь вообще, распространяется по всему миру, охватывая все континенты, включая и Австралию, но сдает свои позиции в Европе. В некоторых странах, именовавшихся еще католическими, начинает проявляться враждебное отношение к орденам, а усиливающийся национализм пытается оторвать их от Рима.
Буржуазная революция во Франции, которой закончилось XVIII столетие, выступила не только против несправедливости и жестокости королевского абсолютизма, но и попыталась воплотить в жизнь антихристианские принципы, разрушавшие нравственные устои, и поэтому вновь полилась кровь исповедников: францисканцы, как и монахи других орденов, своей мученической смертью свидетельствовали о неприятии безбожного устройства мира. Более благожелательным к св. Франциску был романтизм девятнадцатого века, сделавший его одним из своих любимых героев, но видевший в нем не столько монаха, сколько поэта, борца за социальную справедливость и героическую личность.
В 1662 г. два конвентуальных францисканца, Мастриус и Беллути, издали “Полный курс философии в соответствии с учением Тонкого Доктора” (Corso completo di folosofia secondo il pensiero del Dottor Sottile). В XVIII в. формируется францисканская историческая школа, наиболее известными представителями которой были конвентуалы Сбаралья и Тебальди.
Конец XIX в. увенчался открытием в 1877 г. в Кваракки, недалеко от Флоренции, научно-издательского центра, превратившегося вскоре в твердыню францисканской науки. Здесь были подготовлены и изданы многотомные критические собрания сочинений францисканских авторов, в том числе знаменитое Opera omnia св. Бонавентуры и ранние жития св. Франциска.
В Новое время расширяется миссионерская деятельность Францисканского ордена. Начало францисканской проповеди в Северной Америке положили девять францисканцев из Франции, высадившихся в Канаде в 1615 г. Меньшие братья проповедовали в Канаде, Флориде и Калифорнии, где память о них осталась в названии городов: Санта Фе – город святой веры св. Франциска, и, конечно же, Сан-Франциско.
Продвигаясь на Запад, Орден не оставлял свои начинания и на Востоке. В 1633 г. в Китай вновь пришли францисканцы, строя церкви, основывая монастыри, организуя сильные приходы. Началась миссионерская деятельность Меньших Братьев в Африке. Они обосновались в Ливии, Конго, Эфиопии, Анголе, Судане, Гвинее. Первыми священниками, совершившими Евхаристию в Австралии, также были францисканцы.
Отважные и бескорыстные служители Слова, они, как и прежде, часто погибали мученической смертью: от рук монофизитов в Эфиопии, или среди одичавшего населения Албании, носившего когда-то имя христиан. Первопроходцы, они собирали ценный этнографический, исторический и страноведческий материал, как, например, отец Людвиг Геннепен, первым давший описание Ниагарского водопада и верховьев Миссисипи.
В конце XVIII в. еще один францисканец был избран папой – конвентуал Антоний Ганданелли, принявший имя Климента XIV. Как все папы францисканцы, в роскошном дворце он оставался бедным братом, ведя аскетический образ жизни.
Беспокойный дух францисканских монахов, стремившихся к различным аскетическим подвигам, на протяжении всей истории Ордена толкал их к разъединению и основанию отдельных, все более строгих и аскетических общин. XIX век положил начало обратной тенденции – тенденции к объединению, и в самом конце столетия, в 1897 г. папа Лев XIII объединил все группы обсервантов (реколектов, алькантаристов, реформатов, обсервантов) в один Орден – Орден Меньших Братьев. Объединение это по имени папы получило название – Леонианская уния.
