Узнав в 1220 г. о возникших в Ордене конфликтах, Франциск возвратился на родину. Обеспокоенный спорами относительно соблюдения Устава, он отказался от обязанностей генерального настоятеля, доверив их Петру Каттани (1220-1221).
В 1221 г. Франциск написал устав из 24 глав, впоследствии переделанный и утвержденный в ноябре 1223 г. Папой Гонорием III. Находясь в Риме, Франциск проповедовал перед Папой и кардиналами так благочестиво и с такой силой, что было ясно: он говорил не учеными словами человеческой мудрости, а по Божественному вдохновению. В 1221 г. Франциск также составил Устав для мирян, ставший основой жизни Третьего ордена (Францисканского Ордена Мирян).
