Франциск родился в 1181 или 1182 году в Ассизи – небольшом древнем городе в Умбрии (Центральная Италия), в богатой мещанской семье. Его отца – торговца сукном – звали Пьетро Бернардоне; мать – Пика – была родом из Франции. При крещении она дала сыну имя Джованни (Иоанн); однако отец, бывший в то время в поездке, после возвращения назвал мальчика Франциском (по-итальянски – “Франческо”, т. е. “Французик”), очевидно, из хорошего отношения к стране, с которой он поддерживал торговые связи.
Годы учения Франциска были непродолжительны. Когда ему исполнилось 14 лет, отец решил, что школьной премудрости он набрался достаточно, и с 1196 года Франциск вместе с братом уже помогал отцу в торговле сукном. Предводитель и любимец ассизской молодежи, он проводил дни своей юности в беззаботном веселье, а в общем-то скуповатый отец не жалел денег для своего любимого сына.
Воображение взрослеющего Франциска захватывали поэмы и песни странствующих трубадуров, посвященные рыцарским подвигам: он мечтал о подобных подвигах и славе.
Казалось, его мечты о рыцарской карьере начинают сбываться, когда он в рядах ассизской армии принял участие в войне против Перуджи (1202 г.) Однако ассизское войско потерпело поражение, и Франциск попал в плен, целый год провел в тюрьмах, а после освобождения заболел. Период пребывания в тюрьме и восстановления здоровья был для него временем размышлений. Он проникся состраданием к нуждающимся. Однажды, встретив бедного рыцаря, Франциск великодушно отдал ему свою одежду.